Von Anfang an nahm die von Nikolaus Ludwig Graf von Zinzendorf gegründete Evangelische Brüder-Unität in vielfältiger Weise diakonische Aufgaben wahr. So wurde 1727 in Herrnhut das erste Waisenhaus gegründet. In dieser Tradition steht heute auch die Herrnhuter Diakonie.

Die Geschichte der Herrnhuter Diakonie reicht zurück bis in das Jahr 1969. Damals erging der Beschluss der Direktion der Evangelischen Brüder-Unität, in Herrnhut ein Zentrum zur Förderung von Jugendlichen mit geistiger Behinderung aufzubauen. 1974 begannen dann die Bauarbeiten und am 17. Juli 1977 fand die Einweihung des Förderungszentrums "Johann Amos Comenius" für Menschen mit einer geistigen Behinderung statt. Aus ihm entstanden unsere heutige Förderschule und die verschiedenen Wohnangebote für Kinder, Jugendliche und Erwachsene mit einer geistigen Behinderung in Herrnhut und Hohburg.

Die intensive Zusammenarbeit mir der Kirchengemeinde trug in diesen und den folgenden Jahren zu einer gelungenen Integration bei. 1985 übernahm die Brüdergemeine das ehemalige Pfarrgelände in Hohburg bei Wurzen, um hier ein Wohnheim für Behinderte aufzubauen. 1986 wurde das Wohnheim in der Zittauer Straße 30 in Herrnhut eingeweiht.

Die Wende ermöglichte es, bereits im Frühherbst 1990 die Förderschule für Kinder und Jugendliche mit geistiger Behinderung als eine der ersten Förderschulen in der damals noch existierenden DDR zu eröffnen. Die Schule trägt heute den Namen "Johann Amos Comenius". Johann Amos Comenius war der letzte Bischof der "alten" Brüder-Unität. Er wurde am 28. März 1592 in Südmähren geboren und ist am 15. November 1670 in Amsterdam gestorben. Er war ein großer Theologe, Philosoph und Pädagoge seiner Zeit.

Zu weiteren Entwicklungen direkt nach der Wende gehörten die Einweihung des Helfried-Kämpfe-Hauses in Hohburg im Jahr 1991, die Übertragung der Verwaltung des Altenheimes der Brüder-Unität im Jahr 1993 sowie die Nutzung des ehemaligen Gästeheims "Chrisitan-David-Haus" in Herrnhut als Haus für ambulant betreutes Wohnen.

Seit 1998 wird die Herrnhuter Diakonie als Stiftung der Evang. Brüder-Unität geführt.

2005 kam das Altenpflegeheim "Dora-Schmitt-Haus" in Bautzen-Kleinwelka als Zustiftung zur Herrnhuter Diakonie. Seit Januar 2009 ist die Herrnhuter Diakonie Mehrheitsgesellschafter an der "Christliche Hospiz Ostsachsen gGmbH" und für deren Dienste geschäftsführend tätig.

Theologische Leiter der Herrnhuter Diakonie:
1974 – 1984: Pfr. Christian Weber
1984 – 2005: Pfr. Ulrich Mihan
2005 – 2009: Pfr. Hans Reeb
seit 1.01. 2010: Diakon Volker Krolzik